TEMPLO DEL SANTUARIO.
Templo del Señor del Sacro Monte. Ubicado en Av. Juárez Ote. en el Jardín de la Familia. Iglesia que se comenzó a construir en terreno cedido por el Ayuntamiento de la Villa, con las copiosas limosnas de los fieles. El permiso para su construcción fue dado por el Gobernador del Estado el 4 de Agosto de 1826 en el siglo XIX, es de sobria fachada hecha de cantera. La Torre del Campanario en su lado derecho conserva el primer reloj público que existió en San Juan del Río, el cual fue donado por el Gobernador de Querétaro: Don Benito Santos Zenea en 1875. . Ahí se realizaron festividades religiosas el viernes 20 de Noviembre de 1831, con la bendición y dedicación del Templo. Al terminar los tres días de fiestas religiosas comenzaron seis días de fiestas profanas.
TEMPLO Y EX CONVENTO DE SANTO DOMINGO.
Ubicado en Av. Juárez y Zaragoza. Con el objeto de brindar servicio médico a los religiosos de la sierra gorda se construyo este templo. Su edificación inicio en el siglo XVII y se terminó a principios del siglo XVIII. Actualmente el Exconvento es sede de la Presidencia Municipal.


Santuario Diocesano de Nuestra Señora de Guadalupe. Ubicado frente a la Plaza Independencia. Los antecedentes a la construcción de la actual iglesia parroquial datan del 9 de mayo de 1689, donde el clero y los vecinos de San Juan del Río, se dirigieron al Virrey don Gaspar de la Cerda Sandoval Silva y Mendoza, Conde de Galve, con el objeto de obtener el permiso para su construcción. La edificación es de construcción neoclásica, elegante y de amplias líneas que la vuelven distinguida con un toque señorial. Destinada en un principio para uso exclusivo de los españoles, a los indios se les doctrinaba y decía misa en una capilla techada con tejamanil que estaba en terrenos donde se construyó la parroquia de los españoles. Actualmente se venera a la Virgen de Guadalupe en su interior.
JESUSITO DE LA PORTERIA
Fundado en 1731, en la antigua portería del Hospital de San Juan. En su interior se encuentra la Leyenda de la Imagen de Jesús.
Beaterio de las Hermanas Terceras: Se fundó en el año de 1670 por las Hermanas Terceras de San Francisco; su objetivo fue el de la educación de las niñas de escasos recursos. En 1683 se reconstruyó y reorganizó por Fray Antonio Margil de Jesús.
Templo del Calvario: Ubicado en el antiguo barrio de los indios, es probable que se haya derribado y construido el actual a principios del siglo XVIII y desde ese tiempo, es tradición que la peregrinación de la Semana Santa culmine en este lugar.
Templo de San Juan de Dios: Se fundó en 1661, la fachada se encuentra enmarcada por dos contrafuertes; el acceso posee arco de 1/2 punto y su torre de dos cuerpos se sitúa en el lado derecho del altar mayor en donde se encuentra la imagen de San Juan de Dios; a un costado se encuentra “Capilla de Jesús de la Portería“, imagen milagrosa y muy visitada.